[imtoken钱包下载注册教程]Kraken进行宏基因组分类分析

下一个k-mer不在数据库中

结果：

cp $ KRAKEN_DIR / bin / kraken-build $ HOME / bin

序列的长度以bp为单位。

kraken-build --standard --threads 24 --db $DBNAME

Kraken数据库

 命令：

Kraken是由C ++和Perl编写的，专门用于Linux操作系统。

显示：Kraken installation complete.即为安装成功，为方便后续操作，安装完成后，可将两个主要Kraken脚本：kraken和kraken-build复制到PATH变量（例如“$ HOME / bin”）中

下载地址：

最后，，删除任何不必要的文件。

序列ID，从FASTA / FASTQ头获得。

按序输出，并利用管道来划分各分类级别。

cp $ KRAKEN_DIR / bin / kraken $ HOME / bin

kraken --db $ DBNAME seqs.fq