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[imtoken钱包下载注册教程]Kraken进行宏基因组分类分析

admin 区块链资讯 2022年06月12日

下一个k-mer不在数据库中

结果:

cp $ KRAKEN_DIR / bin / kraken-build $ HOME / bin

序列的长度以bp为单位。

kraken-build --standard --threads 24 --db $DBNAME

Kraken数据库

 命令:

Kraken是由C ++和Perl编写的,专门用于Linux操作系统。

显示:Kraken installation complete.即为安装成功,为方便后续操作,安装完成后,可将两个主要Kraken脚本:kraken和kraken-build复制到PATH变量(例如“$ HOME / bin”)中

下载地址:

最后,,删除任何不必要的文件。

 

序列ID,从FASTA / FASTQ头获得。

按序输出,并利用管道来划分各分类级别。

cp $ KRAKEN_DIR / bin / kraken $ HOME / bin

kraken --db $ DBNAME seqs.fq

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